Suatu hari, sebuah UFO besar berputar di atas Jepang dan jatuh ke lahan pertanian pedesaan di luar Nagaoka, mengganggu kehidupan biasa Tsubasa Misudachi. Saat Gatchaman, para pembela legendaris Kota Tachikawa, mengawasi kejadian tersebut, makhluk alien yang damai muncul dari pesawat ruang angkasa itu. Dalam kekacauan yang terjadi, Tsubasa diberi buku catatan berteknologi tinggi khusus, atau NOTE, dari pendiri Gatchaman, J.J. Robinson, yang menandakan perekrutan mendadak Tsubasa ke dalam kelompok mereka. Di bawah bimbingan sesama pahlawan Hajime Ichinose, Tsubasa perlahan mulai menyesuaikan diri dengan kehidupan sebagai pembela keadilan.
Sementara itu, teknologi CROWDS, yang memungkinkan pengguna untuk mewujudkan kesadaran mereka ke dalam bentuk fisik, menyebar di kalangan masyarakat, serta didukung oleh Perdana Menteri Sugayama. Namun, sebuah organisasi misterius yang dikenal sebagai VAPE telah mendapatkan reputasi buruk dengan menggunakan CROWDS merah yang unik untuk menimbulkan kekacauan, menggeser opini publik terhadap teknologi CROWDS. Gatchaman, bersama dengan anggota baru Tsubasa, harus menghentikan aktivitas destruktif mereka sebelum terlambat.