Berabad-abad yang lalu, panglima perang feodal kejam Gengetsu Kibaoni dibunuh oleh klan Igasaki Ninja, sebelum membuang kemanusiaannya menjadi Yokai. Dalam upaya pertamanya untuk bangkit kembali, Kibaoni dikalahkan dan disegel oleh Yoshitaka Igasaki, seorang pria yang dikenal sebagai Ninja Terakhir, tetapi tiga generasi kemudian, Kibaoni tidak disegel oleh punggawa Kyuemon Izayoi.
Karena hanya anggota garis keturunan Igasaki yang dapat menghentikan Yokai yang mengamuk, putra Yoshitaka Tsumuji Igasaki mengumpulkan Ninningers, yang terdiri dari anak-anaknya Takaharu dan Fuka dan teman-teman mereka Yakumo Kato, Nagi Matsuo, dan Kasumi Momochi, untuk menguasai Shuriken Ninja Arts klan mereka dan melawan Korps Tentara Kibaoni.