Seri ini diatur sekitar dua bulan setelah peristiwa ocurred di Tuatha de Danaan pada akhir serial aslinya. Mithril menjadi sadar sebuah organisasi rahasia yang memiliki teknologi mampu menandingi mode ECS (Electronic Cloaking System). Organisasi ini, yang dikenal sebagai Amalgam, juga memiliki Black Teknologi, diperoleh dari Bisik seperti Kaname Chidori, dan seperti badan-badan intelijen lainnya, mereka berniat untuk mendapatkan lebih banyak; Namun, ketika misi Sousuke untuk melindungi Chidori diakhiri oleh Mithril, semua tampaknya berada di tempat untuk rencana Amalgam ini …