Grisaia no Rakuen memulai tepat pada akhir angsuran sebelumnya, Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji ditangkap karena dicurigai melakukan terorisme. Sebuah video yang menunjukkan bukti nyata bahwa Yuuji melakukan tindakan ini, dan dia ditahan oleh Ichigaya. Ichigaya tahu benar bahwa Yuuji tidak melakukan kejahatan yang dituduhkan kepadanya. Tapi dia gagal membunuh Heath Oslo, yang merupakan pemimpin organisasi teroris dengan senjata yang sangat menghancurkan yang mereka miliki. Sebenarnya, Ichigaya punya rencana sendiri untuk Yuuji ... Tapi semua mungkin tidak hilang untuk Yuuji. Gadis-gadis Akademi Mihama tidak akan membiarkan Yuuji digunakan untuk keuntungan politik, dan juga sosok misterius baru yang muncul di hadapan mereka.